Ngoài ra, các hệ sinh thái đất ngập nước (sông, cồn, cù lao…) cũng đóng vai trò quan trọng của thành phố.

Thời gian qua, các chính sách phát triển kinh tế - xã hội của thành phố hướng đến sự phát triển bền vững, quan tâm bảo tồn tài nguyên thiên nhiên. Các hệ sinh thái đất ngập nước tự nhiên, như: cồn, cù lao được quy hoạch phát triển theo hướng du lịch sinh thái. Định hướng bảo tồn đa dạng sinh học trên vừa tạo giá trị kinh tế, vừa có thể bảo tồn đặc trưng sinh cảnh.

Công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo tồn đa dạng sinh học thủy sinh vật nước ngọt cũng được thành phố quan tâm với việc tổ chức tập huấn, tuyên truyền về bảo vệ nguồn lợi thủy sản, phục hồi và tái tạo nguồn lợi thủy sản, công tác thả cá về nguồn được thực hiện mỗi năm.

Bên cạnh đó, thành phố cũng thành lập ban chỉ đạo cấp thành phố thực hiện cấm sử dụng chất nổ, xung điện, chất độc để khai thác thủy sản.

Mặc dù vậy, các yếu tố về dư lượng thuốc trừ sâu do thâm canh hóa trong sản xuất nông nghiệp; nước thải công nghiệp và sinh hoạt không được xử lý trước khi thải ra sông, kênh, rạch; xây dựng đê bao kiểm soát lũ; sự gia tăng dân số; sinh vật ngoại lai … đang gây những ảnh hưởng không nhỏ đến đa dạng sinh học của Cần Thơ.

Những thách thức trên đòi hỏi thành phố cần có những giải pháp và hành động mạnh mẽ hơn nữa để bảo tồn và phát triển bền vững đa dạng sinh học.

Để bảo vệ nguồn lợi thủy sản, vấn đề khai thác thủy sản cần đi đôi với công tác phục hồi và tái tạo nguồn lợi thủy sản. Song song đó, cần nghiên cứu, sản xuất giống các loài thủy sản bản địa, các giống loài thủy sản quý hiếm; đồng thời bảo vệ các giống loài có nguy cơ bị biến mất. Xây dựng kế hoạch bảo tồn, xây dựng các chính sách phù hợp cho công tác bảo tồn đa dạng nguồn gen thủy sinh vật nói riêng và đa dạng sinh học nói chung.

Thành phố đã đề xuất thành lập khu bảo tồn thủy sinh vật nước ngọt ở huyện Cờ Đỏ, phát triển giống một số loài cá bản địa nước ngọt bằng cách sưu tầm, lưu trữ giống, nghiên cứu công nghệ sản xuất giống nhằm gia tăng quần thể thủy sinh vật có nguy cơ biến mất.

Chi cục Thủy sản thành phố phối hợp với Tổng cục Thủy sản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cùng các tỉnh liên quan xây dựng khu bảo tồn vùng nước nội địa sông Hậu. Ngoài ra, xây dựng các mô hình đồng quản lý nghề cá quy mô nhỏ trên địa bàn thành phố, phát huy và nâng cao vai trò trách nhiệm của cộng đồng trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản và đa dạng sinh học thủy sinh vật…