Mưa lớn kéo dài và triều cường dâng cao là nguyên nhân chủ yếu gây ngập lụt các khu vực ven sông tại các quận trung tâm TP Cần Thơ. Theo báo cáo thống kê năm 2013, trên địa bàn quận Ninh Kiều có khoảng năm điểm ngập lớn như khu Trung tâm thương mại Cái Khế, vòng xoay đường Mậu Thân - Nguyễn Văn Cừ, vòng xoay đường 3 tháng 2 - Nguyễn Văn Linh, đại lộ Hòa Bình,... Độ ngập từ 0,35 m đến 0,6 m vào thời điểm đỉnh triều cường (cao + 2,15 m so với cao độ hòn dấu) và kết hợp với mưa, lũ. Thời gian ngập chủ yếu rơi vào tháng 9 và tháng 10 hằng năm. Thời điểm ngập là vào buổi sáng và buổi chiều các ngày đầu tháng và cuối tháng (âm lịch), với mỗi lần ngập kéo dài khoảng hai tiếng đồng hồ. Việc thiệt hại do ngập hiện nay chưa có đánh giá cụ thể. Trước mắt, việc ngập làm trở ngại giao thông, đi lại của người dân.
Đáng chú ý, một số nền đường ở khu vực trung tâm có cao độ khá thấp so với khu vực chung quanh nên khi trời mưa lớn kéo dài các tuyến đường này thường bị ngập nhanh, đồng thời các cửa thu nước ở các tuyến nhỏ và ít nên không thu nước kịp trên mặt đường gây hiện tượng ngập cục bộ, điển hình như đại lộ Hòa Bình. Ngoài nguyên nhân ngập, nghẹt do hạ tầng thoát nước kém, còn vì ý thức và trách nhiệm cộng đồng còn hạn chế, dẫn đến các hành vi vứt rác, thải đất, cát, vật liệu xây dựng làm cản trở dòng chảy. UBND thành phố đã chỉ đạo Sở Xây dựng, UBND các quận, huyện tăng cường kiểm tra chặt chẽ, kiên quyết xử lý, xử phạt các hành vi vi phạm nêu trên, đồng thời, đưa vào tiêu chí xét chọn thi đua hằng năm.
Phó Chủ tịch UBND thành phố Cần Thơ Võ Thị Hồng Ánh cho biết, đã giao nhiệm vụ cho Ban Quản lý dự án Nâng cấp đô thị TP Cần Thơ và Ban Quản lý dự án Nâng cấp đô thị vùng đồng bằng sông Cửu Long - tiểu dự án TP Cần Thơ tổ chức khảo sát các điểm ngập nặng cục bộ (năm điểm ngập), khảo sát hệ thống cống hiện trạng, rạch khu vực chung quanh các điểm ngập, khảo sát hiện trạng các cửa xả, đấu nối, độ dốc thoát nước,... xem xét đánh giá nguyên nhân và đề xuất giải pháp cụ thể cho từng khu vực, tránh tình trạng nâng nền đường không tính toán vừa lãng phí nguồn đầu tư, vừa tạo điểm ngập sâu mới ở khu lân cận, làm tốn kém chi phí sửa nhà, công trình, gây lãng phí... Trách nhiệm của Sở Xây dựng là chủ trì xem xét, báo cáo và tham mưu giải pháp khắc phục ngập, thoát nước nhanh, bảo đảm hiệu quả sử dụng kinh phí. Bộ phận theo dõi quản lý điều hành hệ thống thoát nước được củng cố và bổ sung theo hướng chuyên nghiệp hóa. Thực hiện giải pháp nâng cấp đô thị - Phát triển đô thị bền vững ứng phó với biến đổi khí hậu, UBND thành phố Cần Thơ đang tiến hành lập quy hoạch thoát nước TP Cần Thơ đến năm 2030 dự kiến phê duyệt vào quý IV năm 2014. Sau khi quy hoạch được duyệt, Sở Xây dựng sẽ xây dựng kế hoạch chi tiết để triển khai quy hoạch này. Đó là việc tập trung triển khai Tuyến kè sông Cần Thơ vừa khắc phục sạt lở bờ sông, bảo vệ an toàn bờ sông, chống ngập, di dời người dân đến nơi ở mới ổn định an toàn, đồng thời cải tạo chỉnh trang cảnh quan dọc sông Cần Thơ là điểm nhấn phát triển du lịch văn hóa. Cần Thơ hiện là thành viên tích cực tham gia Chương trình Phát triển Vùng đồng bằng sông Cửu Long ứng phó với biến đổi khí hậu do Ngân hàng Thế giới và các tổ chức quốc tế, nhà tài trợ cùng các bộ, ngành nghiên cứu thực hiện và đã có tuyên bố chung, trong đó có Dự án Chống ngập TP Cần Thơ.
Bến Ninh Kiều (TP Cần Thơ).
Hiện nay thành phố đang tập trung giải quyết tình trạng ngập tại các tuyến đường, khu vực gồm: đại lộ Hòa Bình, đường Hai Bà Trưng, đường Mậu Thân, quốc lộ 91B (giao lộ đường 3 tháng 2 và đường Nguyễn Văn Linh). Trong đó các điểm ngập trên đường Hai Bà Trưng và đường Mậu Thân (từ cầu Rạch Ngỗng 1 đến vòng xoay đường Nguyễn Văn Cừ) hoàn thành việc lắp đặt các van ngăn triều ở các cửa xả phục vụ điều tiết khi mực nước thủy triều lên cao vào các tháng cuối năm.
Trước mắt, để chống ngập lụt cục bộ tại các khu đô thị trung tâm, tiếp theo việc triển khai khảo sát hệ thống cống thoát hiện hữu, các cửa xả, kênh rạch chưa cải tạo, các điểm đấu nối, các điểm ngập sâu,... để có phương án cải tạo phù hợp, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng TP Cần Thơ đang triển khai lắp đặt các van ngăn triều trên địa bàn quận Ninh Kiều nhằm chống ngập do triều cường dâng cao, đồng thời, thành phố cũng đang tiến hành thiết kế thí điểm cống thu nước mưa, lắp đặt trạm bơm, nạo vét và giải tỏa các kênh rạch bị lấn chiếm tại trục đại lộ Hòa Bình đoạn từ công viên Lưu Hữu Phước đến rạch Khai Luông. Dự kiến khi công trình này được thi công hoàn chỉnh sẽ cơ bản giải quyết được vấn đề ngập do mưa và triều ở khu vực trên.
Trong tháng 10-2014, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng TP Cần Thơ sẽ hoàn tất việc bổ sung lắp đặt 130 cửa van ngăn triều nhằm điều tiết nước. Hệ thống cống thoát nước (đường kính 1.000 mm) dọc tuyến đường Hòa Bình từ đường Mậu Thân đến bờ kè rạch Khai Luông được bổ sung lắp mới. Hệ thống thoát nước chung quanh công viên Lưu Hữu Phước, các hệ thống đấu nối vào tuyến đi qua, hố ga thu nước được cải tạo, mở rộng. Phần việc của năm 2015 sẽ là cải tạo nâng cấp kè đoạn Trung tâm thương mại Cái Khế, hệ thống cống thoát nước, lắp đặt trạm bơm; lắp đặt trạm bơm khu vực cầu Ninh Kiều; đấu nối đồng bộ hệ thống thoát nước với Rạch Ngỗng để giải quyết điểm ngập khu vực đường Mậu Thân -Nguyễn Văn Cừ; lắp tuyến cống nút giao đường 3 tháng 2 - quốc lộ 91B.